日本天皇杯参赛队伍为所有日本足协成员球队（J1联赛、J2联赛和业余球队），赛事共分7轮进行；J1、J2联赛球队从第二轮开始参加，赛事均采取一场决胜负的淘汰制，倘若90分钟打平进行加时赛，加时赛打平则以互射点球分胜负；决赛于中立场进行，90分钟打平进行加时直至点球决出冠军。天皇杯冠军获得下赛季亚冠资格。 本赛季受新冠疫情影响，赛制有所改变。J2联赛仅冠军参赛，进入第六轮。J1联赛仅前两名参赛，进入半决赛。